31121 HOLMES-Fluo ssDNA reporter 1 (Cy5)
产品概述
■ 产品描述
HOLMES-Fluo ssDNA reporter 1(Cy5)是单链DNA寡核苷酸探针,5′端标记Cy5荧光基团 (Fluorescence),3′端标记淬灭基团 (Quencher)。当HOLMES-Fluo ssDNA reporter 探针完整时,荧光基团发射的荧光信号会被淬灭基团淬灭。而当HOLMES-Fluo ssDNA reporter 探针被切断后,5'端的Cy5荧光基团和淬灭基团分离,从而发出荧光信号。
HOLMES-Fluo ssDNA reporter 1(Cy5)探针经过特别的序列优化,对Cas12a、Cas12b和Cas12f剪切高度敏感;同时该探针不响应Cas13蛋白的剪切,因此,可与FAM基团标记的ssRNA荧光探针联合,用于Cas12/Cas13双系统反应体系。
■ 产品组分
| 组分 | 31121-01 |
HOLMES-Fluo ssDNA reporter 1 (Cy5) a |
1 OD |
a. HOLMES-Fluo ssDNA reporter 1 (Cy5)总量为1 OD (约为13.44 nmol),为干粉状态。使用前请先短暂离心,然后加入134.4 μL DNase/RNase-Free Water溶解,得到浓度为100 μM的贮存液,在无反复冻融的条件下可于-80℃避光保存6~12个月。使用前再将贮存液用DNase/RNase-Free Water稀释成10 μM的工作液,按下表推荐的浓度加入CRISPR剪切反应体系中。剩余工作液可于-20℃避光保存,3~6个月内使用。
■ 保存条件
-20℃避光储存;≦4℃运输。
■ 实验流程
1. 推荐反应体系(以LbuCas13a为例)
| 组分 | 体积 | 终浓度 |
| 10 × HOLMES Buffer for Cas12a (#32042) | 2 μL | 1 × |
| 10 μM LbCas12a Nuclease (#32108) | 0.05~0.5 μL | 25~250 nM |
| 10 µM guide RNA | 0.05~0.5 μL | 25~250 nM |
| 1 µM Target RNA | 0.5~5 μL | 25~250 nM |
| 10 μM HOLMES-Fluo ssDNA reporter 1 (Cy5) | 0.05~0.5 μL | 25~250 nM |
| Nuclease-free water | Up to 20 μL |
● 体系中各组分的用量可以根据不同的实验目的进行调整,用量较少时可先将各组分稀释后加入体系;
通过实时荧光定量PCR仪记录荧光信号,每30 sec采集一次荧光信号。
HOLMES-Fluo ssDNA reporter 1 (Cy5)适用于Cas12a、Cas12b、Cas12f(即Cas14)等能以ssDNA为剪切底物的CRISPR体系;反应温度需根据不同Cas酶的最适温度进行设定。
常见问题解答
Q1:#31101和#31121探针有什么区别?
A1:#31101和#31121探针仅荧光基团修饰不同,探针序列及在不同Cas体系中的剪切效率一致。
Q2:不同Cas酶单系统的荧光探针推荐选择哪一种?
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系列 |
单系统CRISPR荧光体系 |
推荐搭配荧光探针 |
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Cas12系列: Cas12a, Cas12b, Cas12f (Cas14a) |
LbCas12a Nuclease 货号: #32108 |
HOLMES-Fluo ssDNA reporter 1 (FAM) 货号: #31101 |
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Lb5Cas12a Nuclease 货号: #32110 |
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FnCas12a Nuclease 货号: #32106 |
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AapCas12b Nuclease 货号: #32118 |
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AacCas12b Nuclease 货号: #32116 |
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Un1Cas12f1 (Cas14a) Nuclease 货号: #32119 |
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Cas13系列 |
LwaCas13a Nuclease 货号: #32117 |
HOLMES-Fluo ssRNA reporter 1 (FAM) 货号: #31111 |
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LbuCas13a Nuclease 货号: #32134 |
Q3:Cas12/Cas13双系统检测推荐如何搭配酶和荧光探针?
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双系统CRISPR荧光体系 |
推荐搭配荧光探针 |
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Cas13若选: LwaCas13a Nuclease 货号: #32117 Lb5Cas12a/FnCas12a/LbCas12a/AsCas12a Nuclease, 4选1 货号: #32110/#32106/#32108/#32104 |
HOLMES-Fluo ssRNA reporter 4 (FAM) 货号: #31114 HOLMES-Fluo ssDNA reporter 1 (Cy5) 货号: #31121 |
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Cas13若选: LbuCas13a Nuclease 货号: #32134 Lb5Cas12a/FnCas12a/LbCas12a/AsCas12a Nuclease, 4选1 货号: #32110/#32106/#32108/#32104 |
HOLMES-Fluo ssRNA reporter 5 (FAM) 货号: #31115 HOLMES-Fluo ssDNA reporter 1 (Cy5) 货号: #31121 |
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Cas13若选: LbuCas13a Nuclease 货号: #32134 Lb5Cas12a/FnCas12a/LbCas12a Nuclease, 3选1 货号: #32110/#32106/#32108 |
HOLMES-Fluo ssRNA reporter 6 (FAM) 货号: #31116 HOLMES-Fluo ssDNA reporter 1 (Cy5) 货号: #31121 |
备注:#31121-HOLMES-Fluo ssDNA repoter 1 (Cy5)序列与#31101序列一致,只是荧光标记基团不同。
Q4:不同Cas酶对荧光探针的反式剪切活力请参考下表:
备注:High Conc.含100 nM Cas蛋白,25 nM靶标核酸;Low Conc.含10 nM Cas蛋白,2.5 nM靶标核酸;+数量与剪切效率正相关;+/–表示剪切效率极低;–表示无剪切。
参考文献
COA查询
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