最新进展:CRISPR技术用于SNP、病毒RNA、环状RNA,甚至DNA甲基化检测
2023-02-14
本周(2019年9月18日),ACS synthetic biology在线刊出CRISPR-Cas12b用于核酸检测和DNA甲基化定量的文章(HOLMESv2: a CRISPR-Cas12b-assisted platform for nucleic acid detection and DNA methylation quantitation;
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acssynbio.9b00209),这是吐露港公司与中科院、上海师范大学、上海科技大学等单位共同研究的最新成果。李林显、李诗渊和吴娜是本文的共同第一作者。
下一代基于CRISPR的分子诊断学具有快速、准确和便携性等的优点。之前,吐露港公司与中科院合作发现过Cas12a对旁路单链DNA (ssDNA)的反式切割活性(可参见往期的公众号,点击链接),并利用该活性开发了一种快速核酸检测系统,即HOLMES(one-HOur Low-cost Multipurpose highly Efficient System,1小时低成本多用途高效系统;可参见往期的公众号,点击链接)。
在这里,利用热稳定的CRISPR-Cas12b蛋白,研究人员为创建了升级版的检测方法HOLMESv2,并且创建了4个应用场景。这些结果突出了HOLMESv2作为分子诊断和表观遗传学应用的一个有前景的平台的潜力。
01特异性鉴别单核苷酸多态性(SNP)
02检测病毒RNA、人细胞mRNA和环状RNA
03在恒温条件下,采用单步系统结合LAMP扩增,方便定量目标核酸,避免交叉污染
04结合Cas12b检测和亚硫酸氢盐处理,准确定量目标DNA甲基化程度